SARSCoV2 varianti di interesse: Omicron BA.4 – BA.5

0
241

Cosa sono i ricombinanti e come si formano?

I virus si evolvono naturalmente e cambiano continuamente a causa della selezione genetica.[181] Possono subire cambiamenti genetici minori attraverso la mutazione, così come grandi cambiamenti genetici attraverso la ricombinazione.[181]

La mutazione si verifica quando un errore viene incorporato nel genoma virale e la ricombinazione si verifica quando due virus infettano la stessa cellula ospite e si scambiano informazioni genetiche, creando un nuovo virus. I ricombinanti possono emergere quando più varianti infettano la stessa persona (o animale) contemporaneamente (“coinfezione”): ciò consente alle varianti di interagire durante la replicazione, mescolando il loro materiale genetico e formando nuove combinazioni.[173]

La ricombinazione genetica è un meccanismo evolutivo comune tra i coronavirus e si ritiene che sia fondamentale per la diversità dei coronavirus e l’emergere di SARS-CoV-2, MERS-CoV, SARS-CoV e altri coronavirus zoonotici.[182] Gli eventi di ricombinazione genetica si verificano spesso nei serbatoi naturali, portando all’emergere di nuovi virus.

La possibilità che i coronavirus si trasmettano tra le specie rende l’emergere di nuovi virus una minaccia particolare per la salute umana e animale.[183] La ricombinazione consente ai virus di superare la pressione selettiva e di adattarsi a nuovi host e ambienti.[184] Molti ricombinanti non verranno mai diffusi, ma alcuni sì. io

È stato recentemente proposto che il prototipo della variante Omicron B.1.1.529 potrebbe essere stato generato dalla ricombinazione genomica di due lignaggi SARS-CoV-2 iniziali nella sequenza di codifica della proteina spike.[184]

Gli eventi ricombinanti diventano più probabili quando il numero di casi è più alto.[185] Liu et al (2022) osservano che la rapida ed ampia diffusione di SARS-CoV-2 negli esseri umani ha contribuito a un’ulteriore variabilità mutazionale in questo genoma, aumentando le opportunità di ricombinazione futura.[184] La frequenza di creazione di ricombinanti tra due varianti dipende dalla durata della loro co-circolazione, dal tempo fino alla clearance virale e dal numero di persone esposte a entrambi i virus.[186]

Le collaborazioni tra scienziati sono essenziali per verificare possibili nuove varianti. Ad esempio, un presunto ricombinante Delta-Omicron trovato a gennaio a Cipro si è rivelato probabile a causa di una contaminazione di laboratorio.[187]

Da notare, molti dei ricombinanti emergenti sono stati indicati come Deltacron, tuttavia questo termine è anche ampiamente utilizzato nella stampa popolare come termine generico che si riferisce a qualsiasi ricombinante Delta/Omicron. ‘Deltacron’ è un termine non scientifico e semplicistico perché ci sono molti possibili ricombinanti di varie parti dei genomi di Omicron e Delta (cioè diverse versioni di Deltacron). Avere due varianti ricombinate non significa necessariamente che condivideranno le caratteristiche più gravi o preoccupanti di ciascuna variante.

L’OMS continua a monitorare e valutare da vicino il rischio per la salute pubblica associato alle varianti ricombinanti, insieme ad altre varianti di SARS-CoV-2, e fornirà aggiornamenti non appena saranno disponibili ulteriori prove.[6] Il sistema di nomenclatura dinamica Pango fornisce ai virus ricombinanti un’abbreviazione di due lettere che inizia con X.

Sono state segnalate tre varianti ricombinanti SARS-CoV-2 con evidenza di trasmissione da persona a persona: XD (AY.4/BA.1 ricombinante, dove AY.4 è Delta), XE (BA.1/BA.2 ricombinante ) e XF (un altro ricombinante AY.4/BA.1). XE è stato segnalato per la prima volta in Nuova Zelanda il 23 aprile 2022.[188]

Gli ultimi dati di sequenziamento di ESR non avevano trovato nessuna delle altre varianti ricombinanti conosciute, o una variante di ricombinazione originale, in Nuova Zelanda. Il significato dei ricombinanti esistenti e dei potenziali futuri ricombinanti non è ancora noto.

La tabella 5 di seguito delinea i lignaggi ricombinanti designati da Pangolin che sono attualmente monitorati dall’UKHSA come parte della scansione dell’orizzonte.[3] Questi ricombinanti sono XD, XE e XF.

Tabella 5: lignaggi ricombinanti XD, XE e XF

Lignaggio ricombinanteGenitoriCaratteristiche genomicheDistribuzione geografica e prevalenzaCaratteristiche/ possibile impatto
AUTOOmicron BA.1 e Omicron BA.2XE contiene mutazioni BA.1 per NSP1-6 e mutazioni BA.2 per il resto del genoma. Ha anche tre mutazioni che non sono presenti nelle sequenze BA.1 o BA.2: NSP3 C3241T e V1069I e NSP12 C14599T.[1]  L’XE è stata prevalentemente isolata e sequenziata nel Regno Unito, con il primo caso rilevato il 19 gennaio 2022. [3, 7] Il numero totale di casi di XE identificati in Inghilterra al 5 aprile 2022 era di 1.125 casi (1.179 per l’intero Regno Unito). [1] I casi sono distribuiti geograficamente in tutta l’Inghilterra (principalmente a Londra e nell’Inghilterra orientale e sudorientale) e il numero è in aumento.[1] XE mostra prove di trasmissione comunitaria all’interno dell’Inghilterra, sebbene rappresenti <1% del totale dei casi sequenziati al 5 aprile. [1] XE è stato segnalato per la prima volta in Nuova Zelanda il 23 aprile 2022.[188]L’analisi più recente dell’UKHSA, utilizzando i dati fino al 30 marzo 2022, ha rilevato che XE ha un tasso di crescita del 12,6% superiore a quello di BA.2.[1] UKHSA rileva che questa stima non è rimasta coerente poiché sono stati aggiunti nuovi dati e non può essere interpretata come una stima accurata del vantaggio di crescita.[1] L’OMS ha dichiarato il 5 aprile che si stima che XE abbia un vantaggio di trasmissione del 10% circa rispetto a BA.2, tuttavia questo risultato richiede un’ulteriore conferma.[189]      
XD [185]Delta e Omicron BA.1Il lignaggio ricombinante XD è un genoma Delta AY.4 che ha acquisito una sequenza di spike di Omicron BA.1 (posizioni nucleotidiche da 21.643 a 25.581). XD contiene la mutazione unica NSP2: E172D.[3]       XD è presente in diversi paesi europei ma dal 1 aprile non è stato rilevato nel Regno Unito.[1] La prima data di raccolta per i campioni XD è gennaio 2022. L’UKHSA ha riferito che un totale di 68 campioni XD in GISAID soddisfacevano la definizione XD il 1 aprile, di cui 66 provenienti dalla Francia, uno dai Paesi Bassi e uno dal Belgio.[1]  Il rapporto epidemiologico settimanale dell’OMS del 29 marzo affermava che nessuna nuova prova indica che l’XD sia associato a una maggiore trasmissibilità o a esiti più gravi.[6] XD, che ha un gene Omicron S incorporato in un genoma Delta, è presente principalmente in Francia ma non è stato rilevato nel Regno Unito. Sebbene il numero totale di genomi sia ancora piccolo, è stato designato sulla base del fatto che i dati pubblicati dalla Francia suggeriscono che potrebbe essere biologicamente distinto.[1]  
XFDelta e Omicron BA.1Il lignaggio XF è un ricombinante di Delta e BA.1 con un punto di rottura vicino alla fine di NSP3 (nucleotide 5.386).  Nel Regno Unito, dal 7 gennaio 2022 sono stati identificati e convalidati 39 campioni di sequenze come parte del lignaggio XF.[3] XF ha causato un piccolo cluster nel Regno Unito, ma non è stato rilevato da metà febbraio.[3] Attualmente non ci sono prove per campioni XF provenienti da paesi non britannici su GISAID.Data la mancanza di prove per recenti campioni britannici di questo lignaggio, si ritiene improbabile che sia associato a una crescita sostenuta della comunità.[3]

L’UKHSA ha anche notato un ricombinante BA.1/BA.2 (con mutazione unica C3583T) come segnale attualmente in fase di monitoraggio e indagine.[1]

Tabella 1: Panoramica delle varianti SARS-CoV-2 di interesse per la salute pubblica

Tabella aggiornata: 24 aprile 2022

Lignaggio Pango Etichetta dell’OMSEtichetta UKHSA Designazione UKHSA I primi campioni documentati Distribuzione
B.1.1.7 Alfa V-20DEC-01 (precedentemente VOC-20DEC-01) Variante (in precedenza una variante di interesse)Regno Unito, settembre 2020 [6] Rilevato nel Regno Unito nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]
B.1.617.2 e sottolinee Delta V-21APR-02 (precedentemente VOC-21APR-02)Variante (in precedenza una variante di interesse) India, ottobre 2020 [6]Rilevato nel Regno Unito nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]
B.1.1.529/BA.1Omicron VOC-21NOV-01 Variante di preoccupazione  Rilevato nel Regno Unito nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]  
B.1.1.529/BA.2 Omicron VOC-22JAN-01Variante di interesse (in precedenza una variante oggetto di indagine) Rilevato nel Regno Unito nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]
AY.4.2 V-21OCT-01 (precedentemente VUI-21OCT-01) Variante (precedentemente una variante sotto indagine)  – *AY.4.2 è un sotto-lignaggio all’interno di Delta che è stato assegnato come variante distinta da UKHSA.  Rilevato nel Regno Unito nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]
B.1.640 – – Segnale in monitoraggio (in precedenza Variante in monitoraggio) Più paesi, settembre 2021 [6]Rilevato nel Regno Unito nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]  
BA.3 – – Segnale in monitoraggio (in precedenza Variante in monitoraggio)  Rilevato nel Regno Unito nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]
 Lignaggi ricombinanti Delta e Omicron (Regno Unito)– Segnale in monitoraggio (in precedenza Variante in monitoraggio) Regno Unito, febbraio-2022 [6] Rilevato nel Regno Unito nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]
B.1.351 Beta V-20DEC-02Designazione poco chiara (Variante o Variante di interesse) Sudafrica, maggio-2020 [6]Rilevato in GISAID, ma non nel Regno Unito, nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]  
P.1 Rimosso dall’elenco UKHSARimosso dall’elenco UKHSABrasile, novembre 2020 [6]    
B.1.621 Mu V-21JUL-01 (precedentemente VUI-21JUL-01)Variante (precedentemente Variante in corso di indagine) Colombia, gennaio 2021 [6] Rilevato in GISAID, ma non nel Regno Unito, nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]  
 AY.119.2/BA.1.1 Ricombinante Segnale sotto monitoraggio  Rilevato in GISAID, ma non nel Regno Unito, nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]  
 XD Ricombinante (Delta x BA.1) V-22APR-01 Variante (precedentemente segnale sotto monitoraggio) Francia, gennaio 2022 [6]Rilevato in GISAID, ma non nel Regno Unito, nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]  
XE ricombinante (BA.1 x BA.2) V-22APR-02VariantePrimo caso rilevato il 19 gennaio 2022. [3, 7]Rilevato nel Regno Unito nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]  
B.1.617.3 V-21APR-03Variante Rilevato nel Regno Unito nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]  
BA.1/BA.2 Ricombinante (con mutazione unica C3583T)  Segnale in monitoraggio Rilevato nel Regno Unito nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]
XF ricombinante  Segnale in monitoraggio Rilevato nel Regno Unito nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]  
B.1.1.529/BA.4Sotto-lignaggio Omicron BA.4V-22APR-03Variante Rilevato nel Regno Unito nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]
B.1.1.529/BA.5Sotto-lignaggio Omicron BA.5V-22APR-04Variante Rilevato nel Regno Unito nelle ultime 12 settimane all’8 aprile.[1]

Panoramica di Omicron

Come altre varianti, la variante Omicron (B.1.1.529) comprende una serie di lignaggi e sotto-lignaggi.[8] Ciò include BA.1, BA.2, BA.3, BA.4, BA.5 e lignaggi discendenti, nonché BA.1/BA.2 forme ricombinanti circolanti come XE.[5] Esiste un gran numero di mutazioni che differenziano le varianti di Omicron da altri lignaggi noti di SARS-CoV-2.[9] BA.2 e BA.3 sono evolutivamente legati a BA.1[9] e BA.4 e BA.5 sono evolutivamente legati a BA.2.[1]

La variante Omicron è stata rilevata per la prima volta nel novembre 2021 ed è stata associata a una rapida recrudescenza dei casi di COVID-19 in Sud Africa.[9] La variante Omicron porta oltre 30 mutazioni nella glicoproteina spike e si è diffusa rapidamente anche nelle regioni con alti livelli di immunità della popolazione.[9] Entro tre giorni dal caricamento del primo genoma, l’OMS lo aveva designato come la quinta variante preoccupante di SARS-CoV-2 (Omicron, B.1.1.529).[9] Entro tre settimane la variante era stata identificata in 87 paesi.[9]

All’inizio di dicembre 2021, Pango ha annunciato che stava designando due sottolinee geneticamente distinte di B.1.1.529 come BA.1 (B.1.1.529.1) e BA.2 (B.1.1.529.2)[10]: BA. 1 per il lignaggio originale distribuito a livello globale e BA.2 per il nuovo lignaggio anomalo. Il prefisso BA era quindi un alias per B.1.1.529.[10] BA.2 è stata designata variante sotto indagine (VUI) dall’UKHSA il 21 gennaio 2022. L’ultima valutazione del rischio BA.2 dell’UKHSA è stata pubblicata il 23 marzo 2022. [11] BA.2 contiene 29 mutazioni nella proteina spike e una delezione a 25-27. Alcune delle mutazioni nella proteina spike sono condivise con BA.1.[12] 

La differenziazione definitiva di BA.1 da BA.2 richiede il sequenziamento dell’intero genoma (WGS). Tuttavia, poiché il genoma di Omicron (lignaggio BA.1) contiene la delezione dello spike nella posizione 69-70 che è associata al fallimento del bersaglio del gene S (SGTF) in alcuni test PCR ampiamente utilizzati, i modelli SGTF possono essere utilizzati per valutare la diffusione di Lignaggio Omicron BA.1. Il genoma BA.2 è generalmente positivo al target del gene S, ma al 30 marzo 2022 l’UKHSA ha riferito che lo 0,16% dei campioni di BA.2 sequenziati presentava la delezione nella posizione 69-70.[1]

Il sotto-lignaggio di Omicron BA.3 è attualmente molto raro. Ha l’eliminazione SGTF (Δ69-70), quindi può essere rilevato utilizzando test PCR che rilevano SGTF. Ci sono pochi dati su BA.3.  BA.3 è un sotto-lignaggio di Omicron (B.1.1.529). L’indagine preliminare suggerisce che BA.3 non ha mutazioni specifiche nella proteina spike, ma è una combinazione delle mutazioni trovate in BA.1 e BA.2.[13] Simile a BA.1, BA.3 ha l’eliminazione SGTF (Δ69-70), il che significa che può essere rilevato utilizzando test PCR che rilevano SGTF, come TaqPath di Thermo Fisher e non presenta gli stessi problemi di BA.2 discussi sopra in relazione ai test PCR. ( link ) BA.3 è attualmente molto raro, al 24 gennaio 2022 sono state rilevate 85 sequenze nel lignaggio BA.3 da quando è stato identificato il lignaggio ( link) ed è più comunemente segnalato in Polonia, Sud Africa e Regno Unito ( link ). 

Due nuove varianti all’interno del lignaggio Omicron sono state recentemente identificate e denominate BA.4 e BA.5. Questi sono stati classificati dal VTG il 6 aprile 2022 rispettivamente come V-22APR-03 e V-22APR-04.[1] Il 12 aprile 2022, l’OMS ha annunciato che BA.4 e BA.5 erano stati aggiunti al loro elenco di varianti per il monitoraggio. Il monitoraggio è necessario per comprendere eventuali effetti delle loro mutazioni e se questi aiuteranno il virus a eludere il sistema immunitario nelle persone con immunità naturale o indotta dal vaccino. In questa fase non è noto quale effetto sulla trasmissibilità o sulla gravità della malattia abbiano queste mutazioni.

Prevalenza di Omicron e suoi sotto-lignaggi 

La variante Omicron altamente trasmissibile continua ad essere la variante dominante in circolazione a livello globale e ha rapidamente sostituito tutte le altre varianti circolanti in quasi tutti i paesi in cui è stata segnalata.[14] L’aggiornamento epidemiologico settimanale dell’OMS del 20 aprile ha rilevato che Omicron rappresentava il 99,5% delle 313.715 sequenze caricate su GISAID nell’ultimo periodo di 30 giorni (16 marzo-14 aprile 2022). Le sequenze rimanenti erano Delta (<0,1%) o sequenze non assegnate a un lignaggio Pango (0,4%).[15] Tuttavia, l’OMS osserva che queste tendenze dovrebbero essere interpretate tenendo in debita considerazione i limiti dei sistemi di sorveglianza.[15]

BA.1 era responsabile dell’aumento iniziale di Omicron e ora viene sostituito da BA.2 a livello globale.[4]

  • L’OMS ha precedentemente riferito che la prevalenza di BA.2 tra i casi di Omicron sequenziati presentati a GISAID è in costante aumento e che al 22 febbraio 2022, 18 paesi hanno segnalato una predominanza di BA.2 (>50%).[16 ] L’OMS rileva differenze significative tra le regioni, con la regione del sud-est asiatico che riporta la prevalenza più alta di BA.2 tra le sequenze di Omicron (44,7%) e la regione delle Americhe che riporta la prevalenza più bassa (1%), anche se è probabile che ciò sia influenzata dalla capacità di condurre un sequenziamento diffuso dell’intero genoma in molti paesi.[17]
  • Secondo l’UKHSA, in Inghilterra tra il 27 marzo e il 3 aprile 2022, l’88,5% dei genomi sequenziati erano Omicron lignaggio BA.2 (VOC-22JAN-01), l’11% erano Omicron BA.1 (VOC-21NOV-01) e 0,5% erano altre varianti.[1] 
  • Le proiezioni del CDC per la settimana terminata il 9 aprile 2022 hanno stimato che il 100% dei lignaggi negli Stati Uniti sono Omicron, con il lignaggio Omicron predominante che continua ad essere BA.2.[18] La proporzione nazionale di BA.2 era prevista per l’85,9% [18] (rispetto al 53,9% del 1 aprile [19]), BA.1.1 13,1% e BA.1 e BA.3 1,0% insieme.[18]

Nuovi segnali

Il rischio di varianti emergenti clinicamente significative è considerato alto, secondo l’OMS.[6] L’OMS ha espresso preoccupazione per il fatto che negli ultimi mesi alcuni paesi abbiano ridotto significativamente i test SARS-CoV-2. Avvertono che, a meno che non vengano mantenuti solidi sistemi di sorveglianza, i paesi potrebbero perdere la capacità di interpretare accuratamente le tendenze epidemiologiche, attuare le misure appropriate necessarie per ridurre la trasmissione e monitorare e valutare l’evoluzione del virus.[14]

Tabella 4: BA.4 e BA.5

Variante Caratteristiche genomiche Distribuzione geografica e prevalenza Caratteristiche/ possibile impatto 
BA.4 BA.4 condivide tutte le mutazioni e le eliminazioni con il lignaggio BA.2 tranne le seguenti: S: eliminazione 69/70, NSP4: L438F ripristinato a WT (tipo selvaggio), S:L452R, F486V, Q493 (WT), ORF 6: D61 (WT), ORF 7b: L11F e N: P151S.[1]  BA.4 è stato trovato in più paesi, con la prevalenza più alta in Sud Africa, dove il primo campione noto è stato raccolto il 10 gennaio 2022.[1] Per i campioni sequenziati e identificati in GISAID tra il 10 gennaio 2022 e il 30 marzo 2022, la prevalenza è stata riportata come segue: Sud Africa (45 genomi), Danimarca (3), Botswana (2), Inghilterra (1) e Scozia (1). [1] I media hanno riferito che BA.4 e BA.5 stanno crescendo rapidamente in Sud Africa ( link ). A Gauteng ci sono state segnalazioni informali di circa il 60% dei casi di COVID-19 essendo BA.4 al 1 aprile 2022.( link )Sebbene il numero di casi sia relativamente basso, la diffusione geografica indica che la variante sta trasmettendo con successo.[1] In un rapporto informale di Gauteng, è stato osservato che BA.4 ha un tasso di crescita di 0,09 al giorno, simile a BA.2. ( collegamento ) La mutazione sul picco (eliminazione 69/70) è associata al fallimento del bersaglio del gene S. Ciò avrà implicazioni per il rilevamento. [1] Lo Spike L452R è stato associato a un aumento dell’infettività e all’aumento della fusione cellulare.[179] Mutazioni alla proteina spike L442R in BA.4 sono state osservate in altre varianti tra cui Delta, Epsilon, Kappa e BA.5. Questa mutazione sembrava avere un ruolo nell’aumento della diffusione di Delta. Ci sono preoccupazioni che la variante BA.4 possa avere le proprietà di evasione immunitaria di BA.2 e l’aumentata trasmissibilità di Delta.( link )
BA.5 Condivide tutte le stesse mutazioni/cancellazioni di BA.4 eccetto quanto segue: M: D3N; ORF 7b: L11 (WT); N: P151 (WT); SNP sinonimi: A27038G e C27889T.[1]Tra il 25 febbraio 2022 e il 25 marzo 2022 sono state segnalate 27 sequenze del lignaggio BA.5.[1] Tutti i casi BA.5 provenivano dal Sud Africa. Ciò è più evidente nel KwaZulu-Natal, dove la segnalazione informale suggerisce che il 55% dei casi di COVID-19 è stato segnalato come BA.5. ( collegamento )A causa delle somiglianze nelle mutazioni, BA.5 ha implicazioni simili a BA.4. BA.5 non ha la diffusione geografica di BA.4 in questa fase.[1] Ha un tasso di crescita osservato simile di 0,11 nella posizione del focus primario. Questo è paragonabile ai tassi di crescita visti in BA.4 e BA.2.

LEAVE A REPLY

Please enter your comment!
Please enter your name here

Questo sito usa Akismet per ridurre lo spam. Scopri come i tuoi dati vengono elaborati.