L’evoluzione delle varianti di SARS-CoV-2 con trasmissibilità, virulenza e resistenza alla neutralizzazione degli anticorpi potenzialmente aumentate pone nuove sfide per il controllo di COVID-19 (1), in particolare nei paesi a basso e medio reddito (LMIC) in cui la trasmissione rimane elevata e il progresso della vaccinazione è ancora incipiente.
Il Perù è stato gravemente colpito dalla pandemia di COVID-19: al 31 maggio 2021, aveva il più alto tasso di decessi per COVID-19 a livello globale rispetto alla sua popolazione (180764 su 33,38 milioni: ∼ 0,54% della popolazione del paese) ( 2). A giugno 2021, su GISAID erano disponibili 1424 sequenze genomiche del Perù, comprendenti 64 lignaggi PANGO circolanti (3). La sorveglianza genomica di routine all’inizio del 2021 ha rivelato un sottolignaggio a ramificazione profonda di B.1.1.1, ora classificato come C.37 (Figura 1).
È stato segnalato per la prima volta a Lima nel dicembre 2020 (1 su 192 genomi, 0,5%), espandendosi al 20,5%, 36,4%, 79,2% e 96,6% rispettivamente a gennaio, febbraio, marzo e aprile 2021 (Figura 2). Al contrario, le varianti di preoccupazione sono state rilevate meno frequentemente in questi quattro mesi in Perù: Alpha, n=7, 0,5%; Gamma, n=17, 1,2% (Figura 1).
Frequenze relative dei lignaggi SARS-CoV-2 predominanti in Argentina, Cile e Perù da novembre 2020 a maggio 2021.
C.37 contiene una nuova delezione (S:Δ247-253, situata nel dominio N-terminale) e sei mutazioni non sinonime nel gene Spike (G75V, T76I, D614G, L452Q, F490S, T859N) (Tabella 1). Le mutazioni L452Q e F490S mappano entrambe al dominio legante il recettore della proteina Spike (RBD). Mentre L452Q è quasi esclusivo di C.37, L452R è presente in VOC Delta (B.1.617.2) e Variants of Interest (VOI) Epsilon (B.1.427/B.1.429) e Kappa (B.1.617.1) e è associato ad una maggiore affinità per il recettore ACE2 (4). F490S è stato associato a una ridotta suscettibilità in vitro alla neutralizzazione anticorpale (5,6). C.37 mostra anche la delezione ORF1a:Δ3675–3677, che si trova nei VOC Alpha, Beta e Gamma (7).
La prima registrazione di C.37 su GISAID risale all’Argentina nel novembre 2020. Al 19 giugno 2021, c’erano 1771 sequenze di C.37 da 25 paesi, tra cui Cile (n=670), USA (n=510), Perù ( n=222), Argentina (n=86), Germania (n=79), Messico (n=55), Spagna (n=40) ed Ecuador (n=39). Al di là del Perù, C.37 si è espanso rapidamente in Cile e Argentina, raggiungendo rispettivamente il 33% e il 12% di tutti i genomi sequenziati su GISAID entro aprile 2021 (Figura 2). L’emergere di questo lignaggio in Perù e la sua esportazione in altri paesi è un’ipotesi attuale, data la sua rilevazione precedente e l’aumento a quasi il 100% delle sequenze pubbliche entro aprile. Stiamo sequenziando ulteriori campioni peruviani da ottobre a dicembre 2020 per confermare e datare l’origine di C.37.
L’espansione di C.37 si è verificata in Sud America in presenza di centinaia di linee circolanti e VOC Alfa e Gamma (Figura 1B), suggerendo una maggiore trasmissibilità di questa linea. Tuttavia, sono necessari ulteriori dati e analisi epidemiologici per valutarne la trasmissione, la virulenza e le proprietà di fuga immunitaria.
Il 15 giugno 2021, l’Organizzazione Mondiale della Sanità ha designato C.37 come VOI Lambda (8).
Punti salienti
- Lambda S è altamente infettiva e T76I e L452Q sono responsabili di questa proprietà
- Lambda S è più suscettibile a un anticorpo che aumenta l’infezione
- RSYLTPGD246-253N, L452Q e F490S conferiscono resistenza all’immunità antivirale
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Durante la pandemia, la sindrome respiratoria acuta grave coronavirus 2 (SARS-CoV-2), l’agente eziologico della malattia da coronavirus 2019 (COVID-19), è stata diversificata. A luglio 2021, ci sono quattro varianti di preoccupazioni (VOC), Alpha [B.1.1.7 lignaggio; la classificazione del lignaggio si basa sull’assegnazione filogenetica di Named Global Outbreak (PANGO): https://cov-lineages.org/resources/pangolin.html], Beta (lignaggio B.1.351), Gamma (lignaggio P.1) e Delta (lignaggio B.1.617.2) e quattro varianti di interessi (VOI), Eta (lignaggio B.1.525), Iota (lignaggio B.1.526), Kappa (lignaggio B.1.617.1) e Lambda (lignaggio C.37 ) (OMS, 2021a). Queste varianti sono considerate le potenziali minacce per la società umana.
VOC e VOI ospitano più mutazioni nella loro proteina spike (S) e sono relativamente resistenti agli anticorpi neutralizzanti (NAbs) che vengono suscitati in individui convalescenti e vaccinati (Chen et al., 2021; Collier et al., 2021; Garcia-Beltran et al., 2021; Hoffmann et al., 2021; Liu et al., 2021a; Liu et al., 2021b; Planas et al., 2021; Wall et al., 2021a; Wang et al., 2021a; Wang et al. al., 2021b). Poiché il dominio di legame al recettore (RBD) della proteina SARS-CoV-2 S è immunodominante, le mutazioni in questo dominio possono portare all’evasione immunitaria (Piccoli et al., 2020). Inoltre, le mutazioni nel dominio N-terminale (NTD) della proteina SARS-CoV-2 S sono associate alla neutralizzazione di fuga (McCallum et al., 2021). Inoltre, gli anticorpi che migliorano l’infettività virale [anticorpi potenzianti (EAbs)] sono stati rilevati in pazienti affetti da COVID-19 gravi e questi EAb prendono di mira il NTD (Li et al., 2021; Liu et al., 2021c). Poiché le mutazioni naturali in S NTD influenzano in modo cruciale la sensibilità agli anticorpi (Gobeil et al., 2021), l’accumulo di mutazioni in questo dominio è strettamente associato alla diffusione dell’infezione di VOC e VOI.
La variante Lambda (nota anche come linea C.37) è la più recente VOI (designata il 14 giugno 2021) (OMS, 2021a) e si sta attualmente diffondendo in paesi sudamericani come Perù, Cile, Argentina ed Ecuador (OMS , 2021a). Sulla base dei dati informativi del database Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) (https://www.gisaid.org; al 29 giugno 2021), la variante Lambda è stata isolata in 26 paesi. In particolare, il tasso di vaccinazione in Cile è relativamente alto; la percentuale delle persone che hanno ricevuto almeno una dose di vaccino COVID-19 era ~ 60% il 1 giugno 2021 (https://ourworldindata.org/covid-vaccinations). Un recente documento ha anche suggerito che i vaccini hanno efficacemente prevenuto il COVID-19 in Cile (Jara et al., 2021). Tuttavia, nella primavera del 2021 in Cile si è verificata una grande ondata di COVID-19 (OMS, 2021b), suggerendo che la variante Lambda è in grado di sfuggire all’immunità antivirale suscitata dalla vaccinazione. In questo studio, riveliamo il tratto evolutivo della variante Lambda mediante analisi filogenetica molecolare. Dimostriamo ulteriormente che la mutazione RSYLTPGD246-253N, una mutazione unica nel NTD della proteina Lambda S, è responsabile del fenotipo virologico della variante Lambda che può associarsi alla massiccia infezione diffusa principalmente nei paesi sudamericani.
link di riferimento: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.28.454085v1.full
link di riferimento: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.06.26.21259487v1.full-text
