L’emergere della variante SARS-CoV-2 Lambda (C.37)

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L’evoluzione delle varianti di SARS-CoV-2 con trasmissibilità, virulenza e resistenza alla neutralizzazione degli anticorpi potenzialmente aumentate pone nuove sfide per il controllo di COVID-19 (1), in particolare nei paesi a basso e medio reddito (LMIC) in cui la trasmissione rimane elevata e il progresso della vaccinazione è ancora incipiente.

Il Perù è stato gravemente colpito dalla pandemia di COVID-19: al 31 maggio 2021, aveva il più alto tasso di decessi per COVID-19 a livello globale rispetto alla sua popolazione (180764 su 33,38 milioni: ∼ 0,54% della popolazione del paese) ( 2). A giugno 2021, su GISAID erano disponibili 1424 sequenze genomiche del Perù, comprendenti 64 lignaggi PANGO circolanti (3). La sorveglianza genomica di routine all’inizio del 2021 ha rivelato un sottolignaggio a ramificazione profonda di B.1.1.1, ora classificato come C.37 (Figura 1).

È stato segnalato per la prima volta a Lima nel dicembre 2020 (1 su 192 genomi, 0,5%), espandendosi al 20,5%, 36,4%, 79,2% e 96,6% rispettivamente a gennaio, febbraio, marzo e aprile 2021 (Figura 2). Al contrario, le varianti di preoccupazione sono state rilevate meno frequentemente in questi quattro mesi in Perù: Alpha, n=7, 0,5%; Gamma, n=17, 1,2% (Figura 1).

Albero di massima verosimiglianza da 1424 genomi SARS-CoV-2 segnalato in Perù a giugno 2021, evidenziando le varianti Alpha (n=5), Gamma (n=26) e Lambda (n=239).

Frequenze relative dei lignaggi SARS-CoV-2 predominanti in Argentina, Cile e Perù da novembre 2020 a maggio 2021.

C.37 contiene una nuova delezione (S:Δ247-253, situata nel dominio N-terminale) e sei mutazioni non sinonime nel gene Spike (G75V, T76I, D614G, L452Q, F490S, T859N) (Tabella 1). Le mutazioni L452Q e F490S mappano entrambe al dominio legante il recettore della proteina Spike (RBD). Mentre L452Q è quasi esclusivo di C.37, L452R è presente in VOC Delta (B.1.617.2) e Variants of Interest (VOI) Epsilon (B.1.427/B.1.429) e Kappa (B.1.617.1) e è associato ad una maggiore affinità per il recettore ACE2 (4). F490S è stato associato a una ridotta suscettibilità in vitro alla neutralizzazione anticorpale (5,6). C.37 mostra anche la delezione ORF1a:Δ3675–3677, che si trova nei VOC Alpha, Beta e Gamma (7).

Tabella 1.

La prima registrazione di C.37 su GISAID risale all’Argentina nel novembre 2020. Al 19 giugno 2021, c’erano 1771 sequenze di C.37 da 25 paesi, tra cui Cile (n=670), USA (n=510), Perù ( n=222), Argentina (n=86), Germania (n=79), Messico (n=55), Spagna (n=40) ed Ecuador (n=39). Al di là del Perù, C.37 si è espanso rapidamente in Cile e Argentina, raggiungendo rispettivamente il 33% e il 12% di tutti i genomi sequenziati su GISAID entro aprile 2021 (Figura 2). L’emergere di questo lignaggio in Perù e la sua esportazione in altri paesi è un’ipotesi attuale, data la sua rilevazione precedente e l’aumento a quasi il 100% delle sequenze pubbliche entro aprile. Stiamo sequenziando ulteriori campioni peruviani da ottobre a dicembre 2020 per confermare e datare l’origine di C.37.

L’espansione di C.37 si è verificata in Sud America in presenza di centinaia di linee circolanti e VOC Alfa e Gamma (Figura 1B), suggerendo una maggiore trasmissibilità di questa linea. Tuttavia, sono necessari ulteriori dati e analisi epidemiologici per valutarne la trasmissione, la virulenza e le proprietà di fuga immunitaria.

Il 15 giugno 2021, l’Organizzazione Mondiale della Sanità ha designato C.37 come VOI Lambda (8).


Figura

Punti salienti

  • Lambda S è altamente infettiva e T76I e L452Q sono responsabili di questa proprietà
  • Lambda S è più suscettibile a un anticorpo che aumenta l’infezione
  • RSYLTPGD246-253N, L452Q e F490S conferiscono resistenza all’immunità antivirale

. . . . .

Durante la pandemia, la sindrome respiratoria acuta grave coronavirus 2 (SARS-CoV-2), l’agente eziologico della malattia da coronavirus 2019 (COVID-19), è stata diversificata. A luglio 2021, ci sono quattro varianti di preoccupazioni (VOC), Alpha [B.1.1.7 lignaggio; la classificazione del lignaggio si basa sull’assegnazione filogenetica di Named Global Outbreak (PANGO): https://cov-lineages.org/resources/pangolin.html], Beta (lignaggio B.1.351), Gamma (lignaggio P.1) e Delta (lignaggio B.1.617.2) e quattro varianti di interessi (VOI), Eta (lignaggio B.1.525), Iota (lignaggio B.1.526), ​​Kappa (lignaggio B.1.617.1) e Lambda (lignaggio C.37 ) (OMS, 2021a). Queste varianti sono considerate le potenziali minacce per la società umana.

VOC e VOI ospitano più mutazioni nella loro proteina spike (S) e sono relativamente resistenti agli anticorpi neutralizzanti (NAbs) che vengono suscitati in individui convalescenti e vaccinati (Chen et al., 2021; Collier et al., 2021; Garcia-Beltran et al., 2021; Hoffmann et al., 2021; Liu et al., 2021a; Liu et al., 2021b; Planas et al., 2021; Wall et al., 2021a; Wang et al., 2021a; Wang et al. al., 2021b). Poiché il dominio di legame al recettore (RBD) della proteina SARS-CoV-2 S è immunodominante, le mutazioni in questo dominio possono portare all’evasione immunitaria (Piccoli et al., 2020). Inoltre, le mutazioni nel dominio N-terminale (NTD) della proteina SARS-CoV-2 S sono associate alla neutralizzazione di fuga (McCallum et al., 2021). Inoltre, gli anticorpi che migliorano l’infettività virale [anticorpi potenzianti (EAbs)] sono stati rilevati in pazienti affetti da COVID-19 gravi e questi EAb prendono di mira il NTD (Li et al., 2021; Liu et al., 2021c). Poiché le mutazioni naturali in S NTD influenzano in modo cruciale la sensibilità agli anticorpi (Gobeil et al., 2021), l’accumulo di mutazioni in questo dominio è strettamente associato alla diffusione dell’infezione di VOC e VOI.

La variante Lambda (nota anche come linea C.37) è la più recente VOI (designata il 14 giugno 2021) (OMS, 2021a) e si sta attualmente diffondendo in paesi sudamericani come Perù, Cile, Argentina ed Ecuador (OMS , 2021a). Sulla base dei dati informativi del database Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) (https://www.gisaid.org; al 29 giugno 2021), la variante Lambda è stata isolata in 26 paesi. In particolare, il tasso di vaccinazione in Cile è relativamente alto; la percentuale delle persone che hanno ricevuto almeno una dose di vaccino COVID-19 era ~ 60% il 1 giugno 2021 (https://ourworldindata.org/covid-vaccinations). Un recente documento ha anche suggerito che i vaccini hanno efficacemente prevenuto il COVID-19 in Cile (Jara et al., 2021). Tuttavia, nella primavera del 2021 in Cile si è verificata una grande ondata di COVID-19 (OMS, 2021b), suggerendo che la variante Lambda è in grado di sfuggire all’immunità antivirale suscitata dalla vaccinazione. In questo studio, riveliamo il tratto evolutivo della variante Lambda mediante analisi filogenetica molecolare. Dimostriamo ulteriormente che la mutazione RSYLTPGD246-253N, una mutazione unica nel NTD della proteina Lambda S, è responsabile del fenotipo virologico della variante Lambda che può associarsi alla massiccia infezione diffusa principalmente nei paesi sudamericani.

link di riferimento: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.28.454085v1.full


link di riferimento: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.06.26.21259487v1.full-text

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