Variante Delta SARS-CoV-2: i ricercatori hanno trovato prove di trasmissione da individui completamente vaccinati

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Un nuovo studio condotto dal Broad Institute of Harvard e dal MIT, Cambridge-USA e dal MADPH (Massachusetts Department of Public Health) ha confermato che gli individui completamente vaccinati sono responsabili della trasmissione e della diffusione delle nuove sottovarianti Delta, inclusa l’AY.25 sottovariante che è stata responsabile di un’impennata nel Massachusetts.

Numerosi eventi estivi, tra cui grandi raduni al coperto, a Provincetown, Massachusetts (MA), nel luglio 2021 hanno contribuito a un’epidemia di oltre mille casi di COVID-19 tra residenti e visitatori. La maggior parte dei casi era completamente vaccinata, molti dei quali erano anche sintomatici, provocando una risposta completa della salute pubblica, motivando modifiche alle raccomandazioni nazionali di mascheramento e sollevando domande sull’infezione e la trasmissione tra gli individui vaccinati.
 
Per caratterizzare l’epidemia e la popolazione virale sottostante, il team di studio ha combinato i dati genomici ed epidemiologici di 467 individui, incluso il 40% dei casi noti associati all’epidemia.

La variante Delta ha rappresentato il 99% dei casi associati all’epidemia sequenziati.

L’analisi filogenetica suggerisce oltre 40 fonti di Delta nel set di dati, con una sottovariante AY.25 responsabile di un singolo cluster contenente l’83% dei genomi associati all’epidemia.

Questo cluster probabilmente non era il risultato di un’ampia diffusione in un singolo sito, ma piuttosto di una trasmissione da una fonte comune in un breve periodo di tempo.

I dati genomici ed epidemiologici combinati forniscono un forte supporto per 25 eventi di trasmissione da, inclusi molti tra, individui completamente vaccinati; i soli dati genomici forniscono prove per ulteriori 64.

Insieme, l’epidemiologia genomica fornisce un quadro ad alta risoluzione dell’epidemia di Provincetown, rivelando molteplici casi di trasmissione di Delta da individui completamente vaccinati.
 
I risultati dello studio sono stati pubblicati su un server di prestampa e sono attualmente in fase di revisione paritaria.
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.10.20.21265137v1

Analisi genomica dei virus SARS-CoV-2 dall’epidemia

L’epidemia di Provincetown è stata guidata dal lignaggio Delta: il 99% (462/467) dei genomi era Delta, mentre il resto era Gamma (Figura 2A).

Dei genomi delta, l’84% (394/467) proveniva dal ceppo AY.25, un ceppo che circola negli Stati Uniti ma raramente si osserva al di fuori del Nord America.

L’epidemia si è verificata durante un aumento più ampio della linea Delta in MA: rilevata per la prima volta il 28 marzo, la sua prevalenza è aumentata notevolmente nelle settimane precedenti il ​​fine settimana del 4 luglio, dal 16% del 15 giugno al 77% all’inizio del nostro periodo di campionamento il 9 luglio e ha raggiunto il 97% entro la fine del nostro periodo di campionamento il 3 agosto (Figura S3).

Non abbiamo trovato prove di differenze genetiche di conseguenze funzionali note tra genomi Delta associati all’epidemia e altri disponibili pubblicamente, o tra genomi associati all’epidemia da individui vaccinati e non vaccinati. 

I genomi Delta in questo set di dati non avevano nuove varianti a livello di consenso nella proteina spike, né avevano un’aumentata frequenza di qualsiasi cambiamento di amminoacidi di impatto funzionale noto o sospetto (Figura S4) 5,6.

Inoltre, gli individui vaccinati non avevano un numero significativamente diverso di varianti di singolo nucleotide intrahost (iSNV) rispetto agli individui non vaccinati (p = 0,721), suggerendo una piccola differenza nella diversità genetica virale con la vaccinazione (Figura S5A e S5B).

DISCUSSIONE

L’epidemia di SARS-CoV-2 a Provincetown durante e dopo il fine settimana del 4 luglio è stata la prima grande epidemia della variante Delta in una popolazione altamente vaccinata negli Stati Uniti.

 La solida risposta della salute pubblica ha consentito un’ampia caratterizzazione epidemiologica e genomica dell’epidemia, la struttura della trasmissione al suo interno e il ruolo degli individui vaccinati e offre spunti generalizzabili per contenere futuri focolai di Delta e altri lignaggi altamente trasmissibili di SARS-CoV-2 .

L’epidemia di Provincetown ha sollevato preoccupazioni per la salute pubblica e ha attirato l’attenzione internazionale principalmente a causa della prevalenza di infezioni sintomatiche e della potenziale trasmissione da individui vaccinati. Coerentemente con altri rapporti recenti13,14 , le infezioni da esordio con Delta, sebbene spesso sintomatiche e con carica virale da moderata a elevata, sono state tipicamente lievi.

Assegnare con sicurezza i collegamenti di trasmissione tra gli individui era insolitamente impegnativo: la tracciabilità dei contatti convenzionale era difficile a causa delle molte posizioni con contatti potenziali densi coinvolti, mentre l’inferenza genomica della trasmissione era ostacolata dalla bassa diversità genetica complessiva e dall’ampia frazione di genomi identici.

Tuttavia, l’utilizzo dei dati genomici per dare priorità alle connessioni plausibili tra i campioni, seguite da un’indagine epidemiologica più dettagliata, ha identificato diversi probabili casi di trasmissione tra individui completamente vaccinati e può fungere da modello per future indagini su grandi epidemie.

Le dimensioni dell’epidemia di Provincetown – oltre mille casi – e la sua rapida crescita precoce dimostrano che in eventi densamente affollati e condizioni indoor la variante SARS-CoV-2 Delta può causare un ampio focolaio anche in una popolazione prevalentemente vaccinata. Tuttavia, l’epidemia di Provincetown non ha contribuito in modo sostanziale all’aumento dei casi di Delta in Massachusetts.

Gli alti tassi di vaccinazione e la rapida risposta della salute pubblica 1 , che includeva l’implementazione di test mobili, un mandato di mascheramento interno locale e un’ampia campagna di sensibilizzazione, hanno probabilmente contribuito alla breve durata e all’impatto limitato dell’epidemia.

Inoltre, l’impegno attivo della comunità colpita nella risposta epidemiologica, forse influenzato dalla storica sensibilizzazione della salute pubblica nella comunità gay, potrebbe aver contribuito a mitigare l’impatto dell’epidemia 15 .

Il rapido declino e l’impatto limitato dell’epidemia suggeriscono che mentre le epidemie guidate da Delta non vengono eliminate da alti tassi di vaccinazione, possono essere controllate con misure di salute pubblica ben comprese.

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